納稅人丟失增值稅專用發票各聯次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。

1、發票開出未認證情形處理：

(1)丟失發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑相應專票記賬聯複印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專票記賬聯複印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

(2丟失發票聯，可將增值稅專用發票抵扣聯作為記賬憑證，增值稅專用發票抵扣聯複印件留存備查。

(3) 丟失記賬聯，如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯複印，作為記賬憑證;若已寄出，可使用發票聯複印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯，作為記賬憑證，到主管稅務機關認證作為記賬憑證。

(4)丟失全部聯次：納稅人在認證前丟失專票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。

2、發票開出已認證情形處理：

(1)丟失發票聯和抵扣聯，丟失前已認證相符的，購買方憑相應專票記賬聯複印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的 《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

(2)丟失抵扣聯，丟失前已認證相符的，可使用發票聯複印件留存備查。

(3)丟失發票聯，可將抵扣聯作為記賬憑證，抵扣聯複印件留存備查。

(4)丟失記賬聯：如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯複印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用發票聯複印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯，作為記賬憑證，到主管稅務機關認證作為記賬憑證。

(5)丟失全聯次：納稅人已認證，但丟失發票的，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，並登報聲明作廢。稅務機關對丟失發票的納稅人，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新打印一次，經主管稅務機關審核同意，作為記賬憑證。

納稅人丟失已開具的普通發票，大多是由保管不善造成的。未經稅務機關審核同意，發票取得方用開具方提供的複印件、證明等資料不能作為稅前扣除憑據。

(1) 丟失發票聯，應於發票丟失當日或次日(節假日順延)書麵報告主管稅務機關，並向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。

(2) 開具發票一方丟失發票聯，應重新開具發票交對方入賬。重新開具發票時，應在備注欄填寫丟失發票的客戶名稱、發票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發票方記賬時附上丟失發票的其他聯次作為合法入賬憑證。

(3) 取得發票一方丟失發票聯，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並注明原來發票號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批準後，才能代作原始憑證。

(4) 納稅人將在稅務機關代開發票的發票聯或記賬聯丟失，可向開具發票的稅務機關申請出具書麵證明，或要求開具發票的稅務機關提供所丟失發票的存根聯複印件，經主管稅務機關審核後，可作為合法憑證入賬。

(5) 丟失存根聯或記賬聯，應取得發票聯複印件，發票複印件經提供原件的單位注明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章後，方可作為原始憑證。

(6) 納稅人丟失普通發票全部聯次的，按丟失空白普通發票處理。